Po maturitě na gymnáziu studoval v letech 1987 – 1992 na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy v Praze, kde absolvoval na oboru archeologie, se specializací na archeologii raného středověku.

V roce 1992  nastoupil jako odborný pracovník - archeolog do Památkového ústavu v Českých Budějovicích, od roku 1995 působil v Jihočeském muzeu v Českých Budějovicích. Realizoval řadu záchranných a zjišťovacích archeologických výzkumů, z nichž kromě řady výzkumů v historickém centru Českých Budějovic, patří k  mimořádným výzkum hrazeného areálu z období 12. a 13. století v Netolicích, předcházející založení města, raně středověkého hradiště v Doudlebech u Českých Budějovic, objev nejstarší románské fáze kostela sv. Jana Křtitele u někdejší dependance benediktinského ostrovského kláštera v Zátoni a dlouholetý, stále pokračující výzkum v areálu premonstrátského opatství v Želivě u Pelhřimova.

Je autorem a spoluautorem několika výstav, např. Želivský poklad (Jihočeské muzeum 2000) a Svobodní zednáři v Čechách , na Moravě a ve Slezsku (Jihočeské muzeum 2002).

Publikoval řadu statí v odborném a populárně naučném tisku, je spoluautorem Encyklopedie českých klášterů (1997), Encyklopedie Českých Budějovic (1998; 2005) a kulturně historické monografie Pelhřimovsko na prahu třetího tisíciletí (2000).

Od 1993 je členem Občanské demokratické strany. V letech 1994-1998 působil jako člen Kulturní komise Rady města České Budějovice, v roce 1998 byl zvolen členem Zastupitelstva města České Budějovice. Ve volbách 2002 vedl tehdy opoziční občanské demokraty do komunálních voleb v Českých Budějovicích a v listopadu 2002 byl zastupitelstvem města zvolen prvním náměstkem primátora a v listopadu 2006 primátorem města České Budějovice.

Dne 16. dubna 2007 byl na základě návrhu Svazu měst a obcí ČR a Vlády ČR jmenován Radou Evropské unie členem české národní delegace ve Výboru regionů Evropské unie.

Juraj Thoma je ženatý, manželka Zuzana pracuje jako archeolog v Jihočeském muzeu v Českých Budějovicích.